煤炭总医院于1987年经原国家计委批准兴建，1993年正式落成开诊，1995年取得中华人民共和国医疗机构执业许可证，1996年4月由原煤炭部确立为全国煤炭行业医疗卫生中心和基地，1998年6月北京市卫生局批复为三级综合医院，1999年通过评审确立为三级合格医院。
煤炭总医院是一所集医疗、教学、科研、预防为一体的三级综合性医院，是北京市首批社会医疗保险定点医院、北京市涉外医疗医院、中国协和医科大学的教学医院、河北联合大学附属医院及亚洲国际紧急救援中心（AEA）国际救援定点合作医院。
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